ápadním výběžkem Českomoravské vrchoviny jsou Chýnovské hory, mezi nimi i Pacova hora. V lomu na jejím úbočí pracoval v r. 1863 skalník Vojtěch Rytíř. On objevil jedinou jeskyni v jižních Čechách.
    Když se protáhl do dutiny, do které mu kladivo při práci zapadlo, uviděl chodbu spadající do hlubiny. Zpráva o objevu se dostala i k českobudějovickému učiteli Riedlovi, který podal zprávu přírodovědecké komisi Národního muzea a ta ještě v témže roce vyslala k prozkoumání jeskyně odbornou komisi. Komise, vedená prof. dr. Janem Krejčím a dr. Antonínem Fričem, uveřejnila o své práci zprávu v časopise Živa.
    Celý systém chodeb a dutin je asi 400 m dlouhý. Vytvořil je malý potůček, který dnes protéká nejhlubší Slavníkovskou chodbou, tam se ztrácí ve skále a na zemský povrch vyráží až ve vzdáleném Rutickém prameni v údolí Chýnovského potoka. Jeskyně je vytvořena v čočce hrubozrnného krystalického vápence (zde se mu říká řeďák), která se geologickou činností dostala do vápence hrubozrnného, proti vodě odolnějšího, a ten je zase vložen jako vrstva mezi černozelený amfibolit. Žhavé magma ze zemského nitra spolu s horkou párou a plyny dotvořily původní usazeniny do této podoby. Voda pak vymodelovala jeskynní stěny s rozmanitými barevnými ornamenty.
    Právě střídání bělostného krystalického vápence s různě barevně zbarvenými vrstvami amfibolitu v jeskyni této velikosti je ojedinělé nejen u nás, ale i v evropském a zřejmě i celosvětovém měřítku. Nové osvětlení umožňuje návštěvníkům shlédnout barevné krásy i místa, která dříve byla jejich očím skryta. Ultrafialové paprsky současně znemožňují vznik a růst řas. Novou atrakcí je i využívání výborné akustiky k hudebnímu doplnění prohlídkové trasy. Navazující naučná stezka seznámí návštěvníka s bývalou tradiční těžbou vápence a pálením vápna i s výhledem na široké okolí Pacovy hory, k severovýchodu na Kladrubské hory a jižním směrem na plochou pánev Třeboňska.